Ubuntu默认是不支持GBK编码的。所以,首先我们要先让Ubuntu支持GBK,方法如下
sudo gedit /var/lib/locales/supported.d/local

在文件中添加
zh_CN.GBK GBK
zh_CN.GB2312 GB2312

执行
sudo dpkg-reconfigure –force locales

然后在输出的结果中会出现
zh_CN.GB2312 done
zh_CN.GBK done

这样, Ubuntu就支持GBK编码了, 下面设置eclipse。
首先Windows->Preferences, 然后选择General下面的Workspace. Text file encoding选择Other GBK, 如果没有GBK的选项, 没关系, 直接输入GBK三个字母, Apply, GBK编码的中文, 已经不是乱码了。